河南省基础教育发展监测与评价中心内设机构有综合办公室、工具研发部、监测实施部、宣传推广部、数据中心、评价研究中心六个科室。其主要职能分别是：
综合办公室：负责中心党务，承担组织干部人才、宣传统战、纪检监察等日常工作；负责中心政务，承担公文处理、人事、财务、国资、采购、档案、信息、外联、统计等日常工作；承担机要保密工作；承担领导交办的其他事项。
工具研发部：负责基础教育质量监测工具研发与应用，承担学科监测工具的开发、专家库的遴选与管理工作；负责学业质量和体质健康监测数据的分析与反馈，形成学业质量、体质健康监测报告；承担领导交办的其他事项。
监测实施部：负责制定基础教育质量监测的组织指南和操作指南，明确监测目标、监测内容、监测方法；协助省教育厅开展基础教育学业质量和体质健康现场监测，承担相关人员的业务培训、现场实施、阅卷编码等工作；承担领导交办的其他事项。
宣传推广部：负责中心的网站、公众号等媒体平台日常运营和维护；负责中心相关活动的新闻采写、编撰和推广；负责相关学术活动的承办与联络；负责中心先进监测技术的宣传与推广；承担领导交办的其他事项。
数据中心：负责建立基础教育发展监测与评价数据库，承担相关数据平台的建设与管理工作；负责监测数据的收集与应用，承担数据的清洗、整合与可视化处理等工作；承担领导交办的其他事项。
评价研究中心：负责基础教育优质均衡发展年度监测报告的研制；负责追踪和分析基础教育质量监测重点、热点和难点问题，正确理解、运用基础教育质量监测结果；负责开展个性化教育服务功能，拓展基础教育服务项目；承担领导交办的其他事项。
